La médecine régénérative utilisant des cellules souches présente un bon profil d’innocuité chez le chien, le chat et le cheval, c’est-à-dire qu’elles ne provoquent généralement pas d’effets délétères sur ces animaux. ^{25, 26, 27, A} Une inflammation locale passagère peut se produire dans de rares cas suite à une injection intra-articulaire, on la qualifie parfois de « flare » chez le cheval. ^{8, 10, 28, A} Si l’animal présente une tumeur active, il est contre-indiqué de lui injecter des cellules souches sur la base du principe de précaution. En effet, les cellules souches modulent le système immunitaire et contribuent à la formation de nouveaux vaisseaux sanguins, elles pourraient donc, théoriquement, promouvoir des cellules tumorales préexistantes. Enfin, il existe un risque thrombotique et embolique principalement en cas d’injection intravasculaire. ^{8, A}